L'Erbario dell'Università di Bologna, la cui consistenza attuale è stimata in circa centotrentamila piante essiccate, è di dimensioni medio - piccole, ma è comunque ricco di preziose collezioni storiche, che testimoniano la continua cura e l'interesse che i botanici bolognesi, a cominciare da Ulisse Aldrovandi (1522-1605), hanno mostrato verso questa istituzione, importante strumento di conoscenza e di studio.
Si può affermare che l'Erbario dell'Università di Bologna sia uno dei più antichi d'Europa, poiché in esso si conservano collezioni di piante essiccate raccolte dal sedicesimo secolo in poi; fin dal Cinquecento lo Studio bolognese fu infatti una delle principali sedi della cultura botanica italiana.
Nel 1568, su proposta di Ulisse Aldrovandi, il Senato bolognese istituì l’Orto botanico, uno dei più antichi d’Italia, il quarto al mondo, dopo Pisa, Padova e Firenze, tutti fondati attorno alla metà del ’500.
La prima sede dell’Orto fu nel centro della città, all’interno del Palazzo Pubblico in un cortile che oggi corrisponde approssimativamente alla Sala Borsa. L’Orto si sviluppò nel Seicento lungo la linea tracciata da Aldrovandi; intervennero però nel corso del secolo due mutamenti fondamentali legati l’uno all’altro: l’enorme aumento di conoscenze floristiche ed il progressivo affrancamento della botanica dalla scienza medica. Inevitabilmente il cortile del Palazzo Pubblico si rivelò poco adatto ad ospitare un vero Orto Botanico e così, nel 1587, si provvide a trasferire la coltivazione in un sito più ampio presso l’attuale Porta S. Stefano, dove le piante coltivate salirono da 800 nel 1573 a circa 3000 nel 1595.
All’interno del Palazzo Pubblico rimase solo la collezione dei “semplici”, cioè delle piante medicinali, necessaria alle esercitazioni. Nel 1803, infine, l’Università acquistò, all’interno delle mura, tra Porta San Donato, Porta Mascarella e Via Irnerio, un’ampia area prevalentemente agricola, ma già provvista di giardini e viali alberati, dove venne definitivamente ubicato, nella sede attuale, il nuovo Orto Botanico, sorto dalla riunificazione delle collezioni di Palazzo Pubblico e di Porta Santo Stefano.