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La sezione di Teratologia Veterinaria raccoglie preparati di animali interi con malformazioni corporee congenite; la teratologia è infatti la scienza che studia i difetti presenti fin dalla nascita.

Le teratologie, nella scienza moderna, sono considerate come anomalie accidentali, eccezionali e sporadiche, estranee perciò al normale campo di variazione di una popolazione. La maggior parte delle anomalie congenite è dovuta a difetti genetici, mentre soltanto il 5-6% circa delle cause è attribuibile ad agenti esterni che concorrerebbero con fattori genetici ed elementi sfavorevoli intrauterini. Gli insulti esogeni ritenuti teratogeni sono rappresentati da agenti fisici (es. radiazioni ionizzanti), chimici (farmaci, tossici ambientali e/o industriali) e biologici (infezioni).

I preparati più interessanti, che non hanno equivalenti in nessun altro museo di patologia veterinaria, sono stati realizzati dal ceroplasta modellatore Cesare Bettini (Bologna, 1801-1885), che aveva iniziato la sua collaborazione con i Gabinetti universitari come disegnatore e litografo. Nominato modellatore nel 1850, egli lavorò sotto la guida del prof. Luigi Calori e realizzò mirabili modelli in cera e disegni di anatomia patologica e teratologia veterinaria.